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在成功返回纽约中央公园动物园后，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿梅尔曼和河马格洛丽亚过上了安逸的生活。但以“特工”自居的企鹅小队再次失踪，这次它们留下的线索指向了非洲马达加斯加岛上的一片禁忌之地——号称“没有动物能活着出来”的荆棘丛林。四位老友不得不再次踏上冒险之旅。在这片充满巨型昆虫、食人花和神秘部落的丛林中，他们发现企鹅们正在试图建立一座“企鹅帝国”，而丛林深处的火山即将爆发。在拯救企鹅和拯救丛林的抉择中，四人组必须做出最疯狂的抉择，并重新审视“家”的意义。
保持了系列一贯的搞笑密度，企鹅小队依然是笑点担当。视觉奇观大幅升级，荆棘丛林的场景设计充满想象力。内核比第一部更成熟，探讨了关于责任和友谊的深刻命题，合家欢首选。
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